سه روز پس از اعلام آتش‌بس میان جمهوری اسلامی و اسرائیل، یسرائیل کاتز، وزیر دفاع اسرائیل، اعلام کرد که به ارتش این کشور دستور داده تا یک «طرح اجرایی» جامع علیه برنامه هسته‌ای، موشکی و منطقه‌ای جمهوری اسلامی تهیه کند و همزمان برتری هوایی این کشور در خاک ایران را تداوم ببخشد.
کاتز جمعه در بیانیه‌ای که در شبکه اجتماعی ایکس منتشر کرد، نوشت این طرح علاوه بر موارد بالا واکنش به حمایت جمهوری اسلامی از فعالیت‌های تروریستی علیه اسرائیل را هم شامل می‌شود.
وزیر دفاع اسرائیل در نوشته خود تاکید کرده است: «ما به‌طور دائم برای خنثی‌سازی تهدیدهای مشابه عمل خواهیم کرد.»
او با طعنه به مقامات جمهوری اسلامی هشدار داد: «به سر مار بی‌دندان در تهران پیشنهاد می‌کنم که بفهمد و محتاط باشد: عملیات طلوع شیرانفقط پیش‌درآمدی بود بر سیاست جدید اسرائیل پس از ۷ اکتبر؛ دوران مصونیت به پایان رسیده است.»
تاکید وزیر دفاع اسرائیل به تداوم هشیاری اسرائیل در مقابل تهدیدهای جمهوری اسلامی یک روز پس از پیام علی خامنه‌ای و بیانیه سپاه پاسداران است که هر دو بار دیگر بر «نابودی» اسرائیل تاکید کردند.
اسرائیل در جریان جنگ ۱۲ روزه مواضع نظامی جمهوری اسلامی، شامل پدافندهایی هوایی، تاسیسات موشکی و تاسیسات اتمی را هدف گرفت.
کاتز درباره این حملات نوشت: «در حالی که سامانه‌های دفاع هوایی را نابود کردیم زیرساخت‌های هسته‌ای ایران را خنثی کردیم، سامانه‌های تولید موشک را نابود کردیم و به پرتابگرها آسیب جدی وارد کردیم.»
او همچنین به از بین بردن برخی از فرماندهان ارشد نظامی و امنیتی و عوامل برنامه هسته‌ای جمهوری اسلامی اشاره کرد و افزود: «برنامه‌ای را که خامنه‌ای و عواملش طی دهه‌ها برای نابودی اسرائیل ساخته بودند، نابود کردیم.»
وزیر دفاع اسرائیل پنجشنبه اعلام کرده بود که اگر امکانش وجود داشت، اسرائیل در جریان جنگ علیه جمهوری اسلامی، علی خامنه‌ای را هدف می‌گرفت.
او در مصاحبه‌ای با شبکه تلویزیونی دولتی کان اسرائیل گفت: «برآورد من این است که اگر خامنه‌ای در تیررس ما قرار می‌گرفت، او را از میان برمی‌داشتیم.»
وزیر دفاع اسرائیل افزود: «اما خامنه‌ای این موضوع را درک کرد، به اعماق بسیار زیادی زیر زمین رفت و ارتباطش را با فرماندهانی که جای فرماندهان کشته‌شده را گرفته بودند قطع کرد، بنابراین در نهایت این کار واقع‌گرایانه نبود.»
بر اساس گزارش‌های منتشر شده رهبر جمهوری اسلامی از آغاز جنگ با اسرائیل به یک پناهگاه زیرزمینی منتقل شده و با وجود برقراری آتش‌بس میان دو طرف، همچنان این مخفیگاه را ترک نکرده است.
نیویورکتایمز نیز ۳۱ خرداد نوشت در پی حملات شدید اسرائیل به تهران، خامنه‌ای از پناهگاه خود سه روحانی ارشد را بهعنوان جانشینان احتمالیاش معرفی کرده است.
بنیامین نتانیاهو، نخستوزیر اسرائیل و دونالد ترامپ رییسجمهور ایالات متحده هر دو در طول جنگ علیه جمهوری اسلامی از احتمال «تغییر رژیم» در پی این جنگ خبر داده بودند.
جنگ میان اسرائیل و جمهوری اسلامی پس از ۱۲ روز، با میانجیگری آمریکا و توافق آتش‌بس پایان یافت.
